El día 2 de agosto de 1939, Albert Einstein, en nombre de varios científicos, le escribe una carta al Presidente Roosevelt instándolo a apoyar al grupo de científicos que investigan la utilización de la energía atómica en el Proyecto Manhattan. Las investigaciones nucleares en el mundo se iniciaron en 1905, y en 1938 el científico alemán Otto Hahn descubrió la fisión atómica. Inmediatamente la comunidad científica internacional comenzó la carrera que tenía como meta fabricar un reactor atómico para aprovechar la energía en la industria.
El proyecto no tenía gran apoyo del gobierno, que lo ve como un estudio esotérico de teorías que sólo los científicos entienden. Sin embargo la carta de Einstein, que refleja el sentir de los científicos, en el sentido que es necesario desarrollar una bomba atómica antes que Alemania consiga hacerla primero, alerta al gobierno de Roosevelt. En 1941, el ataque a Pearl Harbor aumentó el temor entre los Aliados, pues en ese momento parecía que nada podía detener a las fuerzas del Eje, cuyos ejércitos obtenían victoria tras victoria en todos los frentes.
Atendiendo la sugerencia de los científicos, el Presidente Roosevelt autorizó la creación del Proyecto S-1 dentro del proyecto Manhattan, que inicialmente sería del tipo comercial. Fue dirigido por Arthur H. Compton y fueron llamados gerentes de proyecto profesionales de reconocida capacidad y prestigio. Como a la larga iba a ser un proyecto para el diseño de armas, también se contrataron a experimentados ingenieros con experiencia en esa área.
Pero las cosas no marchaban bien, pues Compton no mostraba signos de competencia para manejar un proyecto de esa magnitud. En setiembre de 1942, Roosevelt le da el impulso al proyecto en la dirección correcta, designando un mando militar en la persona del Coronel Leslie Groves. Inmediatamente, Groves reorganizó el equipo de científicos, ingenieros y técnicos, dotándolos de los equipos necesarios para desarrollar su trabajo. En el primer día a cargo de la dirección del proyecto, Groves ordenó 1250 toneladas de uranio del Congo Belga que se encontraban almacenados en Staten Island.
En enero de 1943, Groves adquirió, por 52 mil dólares, las facilidades de Hanford Engineer Works, en Oak Ridge, que se convertiría en uno de los mayores laboratorios usados en el desarrollo de la bomba atómica. En marzo Los Álamos comenzó a funcionar. Durante lo que restó del año, Hanford produjo plutonio, Oak Ridge uranio enriquecido y un reactor experimental para producir plutonio. Por su parte Los Álamos estaba enfrascado en el diseño de las armas. Pero, pasado el medio año, el enriquecimiento de uranio en gran escala fracasó en Oak Ridge y fue necesaria una completa revisión de todo el proyecto.Groves puso la conducción administrativa del proyecto en manos de corporaciones como la Dupont y Kellogs Corporation y puso en marcha la construcción de una planta para producir material fisible. En octubre de 1942, Groves nombró al científico Julius Oppenheimer, un profesor de física de la Universidad de California en Berkeley, para dirigir a un grupo de científicos europeos inmigrantes, que se dedicarían a tiempo completo a la fabricación de la bomba atómica y decidieron instalar los laboratorios en el desierto de Los Álamos, en el estado de Nuevo México. Ese año, Enrico Fermi logró construir un reactor atómico experimental, llamado Chicago Pile 1, con lo que EE.UU. daba un importantísimo paso en la carrera nuclear.
A fines de 1944, las cosas fueron encarrilándose en el Proyecto Manhattan. La producción de uranio enriquecido comenzó a incrementarse y las primeras pruebas de una implosión dieron resultados satisfactorios. La producción de plutonio también alcanzó los niveles deseados y el equipo que diseñaba el arma, finalmente tenía modelos factibles.
A comienzos de 1945, el Proyecto Manhattan estaba cerca a alcanzar su meta. La bomba de uranio tenía el éxito prácticamente asegurado y la bomba de plutonio estaba cerca de ser terminada, aunque no cumpliría con la fecha de entrega estimada. En esos momentos, ya el general Groves no se preocupaba por el éxito del proyecto. Su preocupación era, que la guerra terminara antes que la bomba estuviera lista para ser lanzada. A fines de enero de 1945, la producción de uranio enriquecido aumentó, estimándose que alcanzaría los 40 Kg. en julio.
En marzo la etapa de desarrollo de la primera bomba, con nombre de código Trinity, estaba llegando a su fin y en abril comenzaron a seleccionarse 17 lugares para la explosión de la bomba. Durante los meses de mayo, junio y julio de 1945, se hicieron las primeras pruebas reales y la lista de posibles blancos fue depurada. Mientras tanto el Grupo 509 llegaba a su base en Tinian, Islas Marianas. El 16 de julio de 1945, Trinity, la primera bomba de prueba fue explotada exitosamente en el desierto de Los Álamos. El destino de los habitantes de Hiroshima y Nagasaki estaba decidido.
